故事是發(fā)生在Milo與Kida留在亞特蘭提斯之後的事情。幾艘貨船途經(jīng)亞特蘭提斯北方的海面遭受攻擊,於是Milo 、Kida跟隨來(lái)訪(fǎng)的探險小組一同展開(kāi)調查,卻發(fā)現攻擊者并不是機器龍蝦,而是其他神秘的力量。渡過(guò)這次危機之後,Kida 為了找出魔幻水晶最適合的安排方式,便和 Milo 與探險隊員踏上旅程,她要查出為何當初她父親要把水晶隱藏起來(lái),害他們的文明差點(diǎn)毀滅。他們也要做出決定,到底該把魔幻水晶拿來(lái)運用呢?還是將其永遠隱藏起來(lái)?